マフラーの基本的役割である音量低減効果については、サイレンサーが最も大きな役割を果たしているが、それ以外の部分にもそれぞれの役割や意味がある。
エキゾーストマニホールドは「エキマニ」と省略して呼ばれたり、「エキゾーストパイプ」やその省略形である「エキパイ」とも呼ばれる。エンジンから出た燃焼気(排気)が最初に通る部分であり、この部分の太さ(管径)や長さはエンジンの出力特性を決める重要な要因の一つである。特に多気筒エンジン等での複数のパイプからなるエキゾーストマニホールドでは、それらを1本や2本に集合させるかどうか、集合させるならその順番や集合方法、集合させるまでの各パイプの長さや太さ、といった様々な要因により、エンジンの出力特性をかなり大きく変えることができる。また近年では、年々厳しくなる騒音規制により、エキゾーストマニホールドのパイプを二重構造として音量低減効果を持たせているものも存在する。
排気ガス中の有害成分抑制を行なう装置。マフラーの基本的役割からすれば本来必要のないものであるが、近年では自動車排出ガス規制の強化などにより必須のものとなっている。現在主流の三元触媒では、浄化対象の排気ガスがある程度の高温でないと性能を発揮できない為に、エキゾーストマニホールドの直後といった、できるだけマフラーの上流側に配置されることが多い。オートバイなど車種によっては、サイレンサー内に触媒が内蔵されているものもある。
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センターパイプ
構造的にはエキゾーストマニホールドとサイレンサーを繋ぐ単なる連結パイプであることが多いが、その太さや長さによりエンジンの出力特性に影響を及ぼす。
サブサイレンサー
車種やマフラーの種類によっては、メインとなるサイレンサーとは別にもう一つのサイレンサーを持つものもある。音量低減効果の他、エキゾーストパイプの不等長の効果などを緩和する膨張室としての役割を持っている場合もある。
エンドパイプ
メインサイレンサーの直後に取り付けられたパイプで、ここを通じて排気ガスは大気中へ放出される。サイレンサーよりも下流にある為に軽視されがちだが、この部分の寸法もエンジンの出力特性に影響力を持っており、マフラーの重要な部品の一つである。また、ほぼ唯一外から見える部品であるため、見た目に気を遣われた処理が行われることが多く、パイプ断面の形、大きさ、数や切り口の角度、リアバンパーからのはみ出し量、材質や焼入れの有無など数多くのパターンがある。
エキゾーストマニホールドやセンターパイプ、エンドパイプやサイレンサー内部の仕切りなど、マフラーの主要部分、特に高温の排気が直接触れる部分には金属が使われることがほとんどである。一般的なものとしては鉄(鋼)やステンレス鋼等が最も多く、やや珍しいものとしてはアルミニウム(アルミニウム合金)や真鍮(黄銅)、更にはチタン合金やインコネルといった特殊な合金が使われることもある。サイレンサーの外殻部分などの排気が直接触れない部分ではFRPやCFRPといった繊維強化プラスチックが使われることもある。生産コストや耐久性が重視されやすい純正マフラーでは、鉄やステンレスが採用されることが多い。それに比べて、性能や外観を重視することが多い社外マフラーや、純正品でも外観や性能(部品重量など)を重視する車種等では、それ以外の高価だが高品質な材質を採用することもある。
一方、サイレンサーの内部などに使われる吸音材としては、グラスウールやスチールウール、デミスター(金属線を立体成形した三次元構造の金網)などが使われる。